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全自动、高通量对大量小植株进行成像的系统，可以选择配置可见光（VIS）成像、近红外（NIR）成像、红外（IR）成像、荧光成像或激光扫描3D成像（只适合高度15 cm以下的小植株）中的一种或多种。成像系统带程控移动装置，可以在X轴和Y轴上进行移动，并配有射频或条形码读取器。Scanalyzer HTS系统通过软件控制摄像头移动到样品上方（多孔板或小盆）进行拍照，照片数据与该样品的电子标记（射频或条形码）一起存储。软件也可控制摄像头对多孔板上的每个孔进行单独成像，每个孔的数据分布存储（告诉软件多孔板类型，然后自动编码，如A01、A02……）。