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Science封面文章:葡萄演化中的双重驯化和性状起源
日期:2023-03-22 21:08:29

葡萄,是全世界最为广泛种植的经济作物之一,作为水果、酿酒原料,葡萄种植始终伴随人类文明。那么,人类最早栽种葡萄的时间是什么时候?酿酒葡萄和鲜食葡萄的起源一样吗?这些问题的答案,学术界此前一直多有争论。

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云南农业大学作为第一单位在《Science》上发表题目为“Dual domestications and origin of traits in grapevine evolution”的文章,该研究由云南农业大学牵头,汇集26个国家和地区70多名科学家完成的大型国际合作项目,形成了葡萄起源、迁徙、品种分化研究领域的多个重要结论,为葡萄基因组辅助育种、品种溯源提供了重要参考数据集,对葡萄种质资源挖掘,推动产业发展具有重大意义,标志着我国葡萄生物资源研究达到世界领先地位。该论文被Science选为当期封面论文,并受邀参加2023年3月Science期刊年会推荐论文。Science同期还刊发了题为“Two domestications for grapes”的评论文章,对该研究进行了介绍并给予了高度评价。

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该研究成果提出和阐释了几个重要观点:

1、论证栽培葡萄起源的时间大约在距今1.1万年前,远比此前人类认知的起源时间要早,表明葡萄是最早驯化的水果,为研究作物起源驯化、葡萄栽培考古学研究提供了重要线索

2、揭示栽培葡萄驯化中心为两个,为双起源中心模式,纠正了此前的单起源中心理论,是葡萄研究的重要里程碑结果;

3、证明酿酒葡萄和鲜食葡萄在不同区域同时起源,并且起源初期遗传背景就具有重大的差异,彻底解决了学术界对鲜食葡萄和酿酒葡萄起源长达数百年的争议;

4、构建几乎覆盖所有栽培葡萄遗传资源高精度亲缘关系谱系图,可以实现葡萄品种的定向育种和设计育种;

5、发现了大量的葡萄人工驯化形状控制基因,特别是找到了酿酒葡萄和鲜食葡萄人工驯化的差异基因,为葡萄功能基因组学研究和育种提供素材;

6、在此研究基础上,结合人类活动、历史气候变迁等因素,绘制了葡萄起源和人工驯化、改良的全景图

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栽培葡萄起源、驯化、扩散全景图

上述研究解决了葡萄研究领域的诸多争议,我国是世界鲜食葡萄的重要产区,云南是我国重要的早熟鲜食葡萄产区,但葡萄产业发展却因“种业”问题受制于人。立足该成果对葡萄的经济性状控制基因的全面解析,可建立葡萄基因组辅助育种技术,在短期内突破葡萄种业难题,为我国葡萄产业高质量发展保驾护航。

综上所述,该研究通过大量测序、全基因组关联分析等技术手段解释了葡萄的驯化起源,对葡萄育种有着里程碑式的意义。

—— 参考文献 ——
1 Dong Y, Duan S, Xia Q, et alDual domestications and origin of traits in grapevine evolution[J]. Science, 2023, 379(6635): 892-901.

2 Allaby RGTwo domestications for grapes[J]. Science, 2023, 379(6635): 880-881.

Agripheno高通量基因分型检测平台

Agripheno高通量基因分型检测平台包括高通量Oktopure DNA提取仪、Nexar®模块化内联液处理与分析系统、Soellex®高通量PCR水浴热循环系统和Araya®内联荧光检测系统。Oktopure DNA提取仪采用磁珠的方法提取DNA,通量达到800个样本/3小时。同时,适用于多种样本类型的DNA提取,包括植物叶片、种子,毛发、血方卡、精液、口拭子、唾液、组织等。提取的DNA适用于多种下游应用,如基因分型、一代测序、二代测序等。Nexar高通量吸取样品DNA和引物、mix至384孔卷带并封膜。Soellex对封膜完成的卷带进行PCR水浴热循环,每次最多可达230,000个样本。Araya对水浴完成的卷带扫描分析,28秒扫描一张卷带。Agripheno基因分型采用KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)原理,对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型。反应体系仅1.6μl,具有高通量、低成本,准确率和检出率接近100%的明显优势。

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服务流程及特点:

● 客户须提供每个位点至少10个阳性对照
● 服务周期引物测试完成后,每批样品一周内出结果
● 服务特点:高通量、低成本、快速准确

DNA提取服务

针对玉米、大豆及水稻等作物的不同组织/器官(叶片、种子等),利用标准的SDS/CTAB法和磁珠法开展DNA提取工作,可实现单日普通质量10,000份和高质量5,000份的DNA提取。
分子标记开发与检测服务

根据目标DNA/基因序列,可开发高效的分子标记(SNP-KASP、SSR等),并可实现单日最高一万SSR数据点,以及数以十万计的SNP数据点检测。

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芯片检测服务
基因组育种芯片是将大规模的基因组测序、功能基因组研究的最新成果与国际最先进的SNP芯片技术相结合,构建的服务于育种的基因组技术工具。目前,种业芯片检测平台,可以提供依托于Affymetrix基因芯片平台的固相芯片检测服务(如Maize-6H60K、Maize-6H90K、Soybean-180K等)、以及依托于华大智造MGISEQ-2000检测平台的液相芯片检测服务。
两大检测平台技术路线如下:
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靶向测序服务

靶向测序技术主要分为基于多重PCR的靶向基因捕获技术(GenoPlexs)和基于液相探针杂交的靶向基因捕获技术(GenoBaits)两种。可完成单样品50-5000和3000-40000标记的基因型分析,并达到可设计区域覆盖度高于95%,扩增子均一性高于90%的捕获效率。

GenoPlex基于多重PCR的靶向基因捕获技术方案

GenoBaits基于液相探针杂交的靶向基因捕获技术方案

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